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银杏树最早出现于3.45亿年前的石炭纪。曾广泛分布于北半球的欧、亚、美洲，中生代侏罗纪银杏曾广泛分布于北半球，白垩纪晚期开始衰退。至50万年前，在欧洲、北美和亚洲绝大部分地区灭绝，只有中国的保存下来。银杏树分布大都属于人工栽培区域，主要大量栽培于中国、法国和美国南卡罗莱纳州。毫无疑问，国外的银杏都是直接或间接从中国传入的。
银杏树在中国、日本、朝鲜、韩国、加拿大、新西兰、澳大利亚、美国、法国、俄罗斯等国家和地区均有大量分布。银杏树的自然地理分布范围很广。从水平自然分布状况看，以北纬30°线附近的银杏，其东西分布的距离最长。在中国，银杏的栽培区甚广，主要分布温带和亚热带气候气候区内，跨越北纬21°30′~41°46′，东经97°~125°，遍及22个省（自治区）和3个直辖市。
在海拔数米至数十米的东部平原到3000m左右的西南山区均发现有有生长得较好的银杏古树。从资源分布量来看，以山东、浙江、江西、安徽、广西、湖北、四川、江苏、贵州等省最多。